Kraków na tle innych dużych miast wyróżnia się wyjątkowym bogactwem przyrodniczym.

Ponad 14,6% powierzchni Miasta, czyli 4778,8 ha, zajmują części trzech parków krajobrazowych: Bielańsko-Tynieckiego Parku Krajobrazowego, Tenczyńskiego Parku Krajobrazowego i Parku Krajobrazowego Dolinki Krakowskie. Tylko pierwszy z wymienionych parków chroni w znacznej części tereny miejskie, aż 66,1% jego powierzchni znajduje się w granicach administracyjnych Krakowa. Pozostałe dwa parki obejmują jedynie niewielkie fragmenty Krakowa, stanowiące odpowiednio 3,5% i 0,3% ich ogólnej powierzchni. Przepisy szczególne, ustanowione rozporządzeniami Wojewody Małopolskiego, obejmują dodatkową ochroną m.in. zadrzewienia poprzez wprowadzony zakaz likwidowania (z pewnymi zastrzeżeniami) zadrzewień przydrożnych, śródpolnych i nadwodnych. Zakazy obowiązujące (z pewnymi zastrzeżeniami) na terenie parków krajobrazowych nie mają już zastosowania w odniesieniu do ich otulin. Dla Tenczyńskiego Parku Krajobrazowego sporządzany jest aktualnie Plan Ochrony, którego ustalenia będą skuteczniej przeciwdziałać niekorzystnym zjawiskom zagrażającym najwyższym walorom przyrodniczym i krajobrazowym Parku, a zarazem znajdującej się w jego obszarze części Krakowa.

 

W dniu 10 stycznia 2011 roku Komisja Europejska przyjęła na mocy tzw. Dyrektywy Siedliskowej czwarty zaktualizowany wykaz terenów mających znaczenie dla Wspólnoty (TZW), w którym znalazły się trzy obszary położone w całości lub w części w granicach administracyjnych Miasta Krakowa. Łączna ich powierzchnia wynosi około 385 ha, co stanowi nieco ponad 1% areału Miasta. Głównym celem ochrony projektowanych tu specjalnych obszarów ochrony siedlisk są tutaj liczne populacje kilku gatunków modraszków z rodzajów Maculinea (=Phengaris) i Lycaena, zagrożonych wyginięciem w skali Europy. Siedliska tych motyli są jednocześnie ostoją wielu innych gatunków roślin i zwierząt chronionych, w tym także wyszczególnionych w załącznikach Dyrektywy Siedliskowej i Dyrektywy Ptasiej. Największy z krakowskich obszarów naturowych – Dębnicko-Tyniecki obszar łąkowy (PLH120065) Składa się z kilku enklaw o łącznej powierzchni 282,86 ha, położonych jest w południowo-zachodniej części Krakowa, na styku trzech jednostek geomorfologicznych: Pradoliny Wisły, izolowanych zrębów Bramy Krakowskiej i Wysoczyzny Krakowskiej. obejmujących najlepiej wykształcone i zachowane płaty łąk trzęślicowych i świeżych oraz fragmenty muraw kserotermicznych wykształconych w nasłonecznionych miejscach, w powiązaniu z widocznymi na powierzchni skałami jurajskimi. Dwa pozostałe obszary są znacznie mniej zróżnicowane i znacznie mniejsze. Łąki Nowohuckie (PLH120069), obejmują obszar o powierzchni 59,75 ha, a położony w niewielkiej części także na terenie Gminy Skawina Skawiński obszar łąkowy (PLH120079) obejmuje 44,13 ha. Dla Łąk Nowohuckich sporządzany jest obecnie plan zadań ochronnych. W ostatnim czasie, na przełomie roku 2015 i 2016, przy współpracy z organizacją pozarządową – Towarzystwem na Rzecz Ziemi, zrealizowano na obszarze Łąk Nowohuckich element projektu pod nazwą "Rewitalizacja, ochrona bioróżnorodności i wykorzystanie walorów starorzeczy Wisły, zatrzymanie degradacji doliny górnej Wisły jako korytarza ekologicznego". Główne działania projektu skupiły się na odtworzeniu na terenie Łąk Nowohuckich istniejącego, ale stopniowo zanikającego starorzecza Wisły. Rewitalizacji poddano blisko 14 arów terenu tworząc zbiornik, który może stanowić miejsce rozrodu stwierdzonych tu gatunków płazów. W uzgodnieniu z Zarządem Zieleni Miejskiej w Krakowie, partnerem wskazanego wyżej projektu współfinansowanego przez Szwajcarię w ramach Szwajcarskiego Programu Współpracy z Nowymi Krajami Członkowskimi Unii Europejskiej wyremontowano również 18 ławek i 2 pomosty obserwacyjne.

 

W granicach dzisiejszego Krakowa funkcjonuje pięć rezerwatów przyrody, utworzonych w latach 1953-1961. Ich łączna powierzchnia wynosi 48,58 ha, co stanowi 0,14% powierzchni miasta. Cztery z nich są zlokalizowane w jego zachodniej części, w obrębie Bielańsko-Tynieckiego Parku Krajobrazowego, a piąty – rezerwat przyrody nieożywionej – na Krzemionkach Podgórskich. Nadzór nad tą formą ochrony przyrody sprawuje Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Krakowie.

 

Na terenie Krakowa znajduje się 12 użytków ekologicznych, ustanowionych uchwałami Rady Miasta Krakowa, za wyjątkiem „Uroczyska w Rząsce”, który utworzono na mocy rozporządzenia Wojewody Małopolskiego z 2001 r. Jest to najstarszy spośród krakowskich użytków, natomiast najmłodszy - „Staw przy Cegielni” powstał z końcem 2014 r. Pieczę nad tym stawem sprawuje Towarzystwo na rzecz Ochrony Przyrody. Łączny udział powierzchniowy użytków ekologicznych w obszarze całego Miasta jest wprawdzie znikomy, jednakże znaczenie dla ochrony lokalnej różnorodności biotycznej, a także edukacji społeczeństwa jest bardzo istotne. Planowane jest objęcie tą formą ochrony przyrody następnych terenów cennych przyrodniczo.